Stainer studeerde aan Oxford en diende na zijn afstuderen als organist aan het Magdalen College. Hij organiseerde de Oxford Philharmonic Society en werd in 1872 organist van St Paul’s Cathedral. Daar was hij verantwoordelijk voor het bespoedigen van hervormingen die de omstandigheden voor muzikanten verbeterden. Al snel werd hij kerkmusicus, geleerde en componist. Bij gebrek aan gezichtsvermogen nam hij ontslag als St Paul’s organist en keerde hij in 1889 terug naar Oxford om als muziekprofessor te dienen. Het grootste deel van Stainer’s composities zijn kathedraalwerken, en hoewel ze als modieus werden beschouwd en zijn tekstkeuze getuigde van een verfijnd gevoel voor literatuur, zijn de werken niet memorabel. Zelf had hij er spijt van dat hij zijn composities ooit had gepubliceerd, omdat hij wist dat ze ‘vuilnis’ waren. Hij wordt meer herinnerd als een pionier op het gebied van Engelse muziekwetenschap en was de eerste Engelse geleerde die muziek onderzocht vóór Palestrina . Samen met zijn dochter Eliza en zijn zoon John leverde Stainer een bijdrage aan vroege edities van Grove Dictionary of Music and Musicians